2001年，由全国人大监督及全国政协指导，中国医院协会（原中国医院管理学会隶属于国家卫生部）组织开展推荐全国百姓放心示范医院活动，计划用三年的时间打造一批让百姓放心满意的医院。玉溪长庚男科医院（玉溪专业男科医院）审时度势，知难而上，自愿报名参加了创建活动，自觉接受社会和患者的监督。活动设计为三个主题，专业主题"明明白白看病",主要推行"病人五个知道，五个明白",增加百姓看病的透明度。第二主题"医疗优质高效",主要推行为百姓看病提供"优质、高效、便捷"的医疗服务。第三主题"医疗绿色环境",主要推行改善就诊、住院条件，畅通生命绿色通道。通过三年的不懈努力，玉溪机关院连续三年被推荐为"全国百姓放心医院",是玉溪市获此殊荣的医疗机构。2004年又被推荐为"全国百姓放心示范医院"（四川地区仅有五所医院）。为进一步加强对推荐的全国百姓放心示范医院的管理，中国医院协会提出所有示范医院自 2005年开始实行两年为一个周期的动态管理办法，经考核合格的保持荣誉，考核不合格的给予摘牌（据了解，全国已有17所医院被摘牌）。通过考核玉溪长庚男科医院（玉溪专业男科医院）于2007年、2012年分别拿到了专业周期和第二周期的合格证。至此，玉溪长庚男科医院（玉溪专业男科医院）已经连续12年获得“全国百姓放心示范医院”殊荣。